İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fen Fakültesi, eğitim-öğretim faaliyetlerine 1998 yılında Kimya ve Fizik Anabilim Dallarında başlatılan lisansüstü programlarla adım atmıştır. Bu başlangıç, Fakültemizin temel bilimler alanındaki akademik yapılanmasının temelini oluşturmuştur.

2001 yılında Matematik ve 2003 yılında Biyoloji Anabilim Dallarının lisansüstü programlarının açılmasıyla birlikte Fakültemiz, dört temel bilim alanında lisansüstü düzeyde eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmeye devam etmiştir.

Lisans düzeyindeki eğitim-öğretim faaliyetleri ise 1998 yılında Kimya ve Fizik Bölümlerinde başlatılmıştır. 2004 yılında Moleküler Biyoloji ve Genetik, 2010 yılında ise Matematik Lisans Programlarının açılmasıyla birlikte dört temel bilim alanında lisans eğitimi sunulmaya başlanmıştır.

Fakültemizin lisans ve lisansüstü programları ilk olarak Basmane’de bulunan Fakülte Binasında yürütülmüştür. Enstitü kampüsünün inşasının tamamlanmasıyla birlikte Fakültemiz, Fen A, B ve C bloklarına taşınmış ve eğitim-öğretim faaliyetleri bu yeni fiziki altyapı içerisinde sürdürülmüştür.

2004 yılında Fen Derslik Binasının tamamlanmasıyla teorik dersler bu binaya alınmış; uygulamalı dersler ise Fen B ve C bloklarında yürütülmeye devam etmiştir. Fiziki altyapı yatırımları kapsamında 2007 yılında Fizik Bölümü Binası, 2011 yılında Matematik Bölümü Binası ve 2013 yılında Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Binası tamamlanarak ilgili lisans programları kendi binalarına taşınmıştır.

Ülkemizin kalkınmasında ve bilimsel gelişiminde öncelikli alanlardan biri olarak değerlendirilen Fotonik alanında ise Fakültemiz önemli bir adım atmıştır. Fotonik Bölümü bünyesinde 2016 yılında Fotonik Bilimi ve Mühendisliği Tezli Yüksek Lisans Programı, 2017 yılında Doktora Programı ve 2019-2020 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde Fotonik Lisans Programı açılarak eğitim-öğretim faaliyetlerine başlanmıştır.

Bu gelişmeler doğrultusunda Fakültemizin derslik ve laboratuvar kapasitesi önemli ölçüde artmış; buna paralel olarak öğrenci sayısı da yükselerek günümüzdeki seviyesine ulaşmıştır. Fen Fakültesi, nicel büyümesini nitel gelişimle destekleyerek, edindiği kurumsal deneyim doğrultusunda eğitim-öğretim hizmetlerinin kalitesini sürekli artırma hedefiyle çalışmalarını sürdürmektedir.