İYTE Fen Fakültesi, ilk olarak 1998 yılında Kimya Anabilim Dalı ve Fizik Anabilim Dalında Lisansüstü programlarında Eğitim – Öğretim hizmeti vermeye başlamıştır.

2001 yılında Matematik Anabilim Dalı ile 2003 yılında Biyoloji Anabilim Dalında hizmet sunmaya başlayarak, dört temel bilimde de Lisansüstü programları kapsamında Eğitim – Öğretim faaliyetlerine devam etmiştir.

Fakültemiz, ilk olarak 1998 yılında Kimya Bölümü ve Fizik Bölümü Lisans programlarında Eğitim – Öğretimin hizmeti vermeye başlamıştır.

2004 yılında Moleküler Biyoloji ve Genetik, 2010 yılında da Matematik Lisans programlarında hizmet sunmaya başlayarak dört temel bilimde Lisans Eğitim – Öğretim faaliyetlerini gerçekleştirmeye devam etmiştir.

Lisans ve Lisansüstü programları faaliyetleri ilk olarak Basmane Fakülte Binasında başlamış olup, Kampüsümüzün inşası ile birlikte Fakültemiz Fen A-B-C bloklarına kavuşmuş ve burada Eğitim – Öğretim sağlanmıştır.

2004 yılında Fen Derslik Binasının yapımı tamamlanarak teorik dersler bu dersliklere taşınmış, Uygulamalı Dersler ise Fen B ve C bloklarında devam etmiştir.

2007 yılında Fizik Bölümü binası tamamlanarak Fizik Lisans Programı buraya taşınmış, 2011 yılında Matematik Bölüm binası tamamlanarak Matematik Lisans Programı buraya taşınmış, 2013 yılında ise Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölüm binası tamamlanarak Moleküler Biyoloji ve Genetik Lisans Programı buraya taşınmıştır. 

Ülkemizin kalkınmasında ve bilim hayatının gelişmesinde öncelikli görülen alanlarda etki ve üretim potansiyeli yüksek olan Fotonik Bölümü’nde; 2016 yılı itibariyle Fotonik Bilimi ve Mühendisliği Yüksek Lisans Programı, 2017 yılı itibariyle Doktora programı , 2019-2020 Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle de Fotonik Lisans Programı  Eğitim-Öğretim faaliyetine başlamıştır.

Böylece Fakültemiz bölümlerinin derslik ve laboratuvar sayıları artmış, paralelinde öğrenci sayısı da artarak günümüzdeki kapasiteye ulaşmıştır. Fakültemiz hızla büyümeye ve gelişmeye devam etmekte olup, bu nicel gelişimden elde edilen tecrübeler doğrultusunda Eğitim – Öğretim hizmetlerinin niteliğini ve kalitesini de geliştirmektedir.